Mmmmhhhh, que yo sepa Flavia, no, no es posible hacerlo.
El problema es que estás usando una herramienta poco indicada para un CD interactivo. Flash es para web, pero si de verdad querés usar una herramienta poderosa, y que proteja tus archivos, entonces te sugiero Macromedia Director, que te permite importar tus swf, y adapatarlos.
Aunque quizás te lleve tiempo entender su filososfía de trabajo, te aseguro que es mejor a tal fin.
Si deseás saber más de director te paso mi mail y contactame:
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