1. puedes cobrar pues es tu trabajo
2. mysql es gratuito para ser usado bajo GPL
3. mysql se cobra para usarlo sin GPL
4. usar GPL implica poner el codigo fuente disponible para cualquier uso (copiar, modificar) siempre y cuando se haga referencia a su autor, no puedes impedir que alguien vea tu codigo o estás violando la GPL
5. Aqui estan los precios.
http://www.mysql.com/products/pricing.html y debes pagarselos a MYSQL AB.