El dbPower si en Output To, seleccionás Same Folder as Original, te pregunta si querés sobreescribir, le das si y listo, sustituido el archivo.
Por Carpeta no lo hace pero podés seleccionar un montón de archivos y listo, lo que no es bueno es hacer otra cosa mientras convierte, aparte de que tarda más tiempo, puede tirar errores.
En cuanto a la sustitución, pensá que si pasa algo perdés el archivo, yo convertiría, digamos a:Musica128, chequeo y luego elimino los originales.
Saludos