Puedes intentar con el dbpoweramp, lo tienes explicado en las FAQ.
- Convertir el mayor nº de formatos posible: lo hace, solo debes instalarte el codec. Cuanto te bajas el programa, viene por defecto para MP3 y WAV, pero si tienes otros formatos (OGG, APE, WMA...) te bajas el codec correspondiente y ya está.
- Que la conversión la haga por carpetas y no archivo a archivo: esto no estoy seguro, pero lo que sí sé es que puedes seleccionar varios archivos y convertirlos a la vez, irá haciendolos uno por uno.
- Que sustituya los originales: creo que tenía la opción, mas no estoy seguro
Un saludo