Tu problema creo que se relaciona con el sistema de archivos que utilices.
Es FAT32 o NTSF?
Bueno, por lo que dices, tienes una única partición, así que para que soporte ese tamaño, será NTSF.
Lo que pasa, que cuando un disco duro tiene una capacidad mayor a 32 Gb, aunque puede soportarlo, parece que la gestión del espacio se hace más complicada y los archivos empiezan a ocupar más y más espacio.
Puedes llegar a casos en los que un archivo de 1 MB ocupe 10 en el disco duro.
Te recomiendo que particiones el disco, en unidades de no más de 32 Gb. Por ejemplo 31 Gb, etc.
Verás una gran diferencia, al tiempo que proteges mejor tu sistema evitando tener todo sobre una misma partición.
Además, 32 Gb es espacio más que suficiente para trabajar, salvo que te dediques a la edición digital de video.... claro.
Un saludo y suerte
