Hola, compañero:
Si tienes los archivos FLA los puedes modificar sin problema desde Flash sin preocuparte de los PSD. Ten cuidado en no cambiar el tamaño de las películas para que la plantilla (template) no se desencaje.
Los PSD los puedes modificar si deseas desde Photoshop (como bien dices son los archivos de este programa).
Recuerda que son idependientes y puedes modificar el que quieras sin preocuparte del otro (FLA para Flash y PSD para Photoshop).
Saludos
