Gracias amigo, si funcionó!
la consulta quedó estructurada asi:
Código PHP:
$_pagi_sql = "SELECT * FROM ($tablausuarios INNER JOIN $tablaempresas ON $tablausuarios.empresa=$tablaempresas.idempresa) ORDER BY apellidos ASC";
utilizo el paginador de jpinedo y es excelente, actualmente logre importar 420 registros para la tabla de usuarios y 103 registros para la tabla de empresas.
menos mal utilice esto y no hice replicación de datos.
Gracias de nuevo