Coloca lo siguiente, te irá de maravilla. Yo lo tengo como tú, con dos dominios y la misma IP.
Lo puedes colocar al fondo del archivo de configuración de Apache.
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NameVirtualHost *:80
<VirtualHost *:80>
ServerAdmin
[email protected] <-- correo
DocumentRoot /carpeta/carpeta <-- ruta de tu dominio 1
ServerName
www.dominio1.com <-- nombre dominio1
ErrorLog logs/error.log
CustomLog logs/access.log common
</VirtualHost>
<VirtualHost *:80>
ServerAdmin
[email protected]
DocumentRoot /carpeta/carpeta <-- ruta segundo dominio
ServerName
www.dominio2.org <-- nombre 2º dominio
ErrorLog logs/error.log
CustomLog logs/access.log common
</VirtualHost>
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