1.-Haces un fopen o file hacia la pagina principal del sitio que deseas checar
2.-"Lees" el archivo con una función que te permita buscar hipervínculos (por ejemplo algun PREG_MATCH o similar)
3.-Corres el proceso de verificación de URL que te has encontrado para cada coincidencia.
4.-Para todos los links que se refieran al mismo dominio (puedes verificarlo con un preg_match otra vez), vuelves a hacer el mismo proceso, hasta que hayas recorrido todas las opciones de esa página.
NOTAS: No será tan sencillo como parece, pues deberás desarrollar funciones que interpreten ligas que puedan estar en formatos diferentes a los tradicionales, por ejemplo:
href="../../talcosa.html"
href="pagina.html"
href="#ancla"
href="javascript
:open('talcosa.htm',bla bla)"
Para cada una de esas variantes puedo visualizar todo un complejo sistema de busquedas y reemplazos antes de conseguir un URL válido para meterlo al verificador...
No será un trabajo fácil, pero si quieres hacerlo, me dará mucho gusto ayudarte en el camino.