mmmm veo que estas trabajando con Unix o Linux. Ahi si me jodes je je.
No te preocupes que para poder hacer eso un usuario corriente, no lo va a poder lograr porque no creo que le vayas a dar la cuenta de root (unix o linux) a todo el mundo y si no tiene esos privilegios, no va a poder modificar la clave de root de MySQL.
¿Podrías comentar qué es exactamente tu proyecto? ¿En qué consiste?