Hola! La respuesta la he encontrado en esta dirección:
http://www.wordforums.com/t32802-s
En una de las respuestas viene el código que se utiliza.
Lo que se hace es crear un documento de word pasándole como parámetro el fichero que queremos enviar por fax. Una vez creado, con la función printout lo imprimimos en un fichero con formato tiff. Definimos cual es la impresora activa (la impresora de fax) y por último creamos un objeto faxdocument con ese fichero .tiff y lo enviamos con el método send.
Al defininir en el objeto de word cual es la impresora activa ya no nos aparece el cuadro de diálogo de imprimir.
Un saludo.