Saludos monoswim
Tome en cuenta tu consejo y he ejecutado el perl en el command de windows esta linea creando un archivo .PL en el notepad:
perl "C:\prueba.pl"

Y me ha corrido muy bien, despues hice con el notepad el siguiente codigo, lo guarde como un archivo .PL y lo ejecute desde el cgi-bin de mi explorador de internet:
#!C:\perl\bin\perl.exe -w
print "Content-type: text/html\n\n";
print "<center><h1>HOLA MUNDO!</h1></center>\n";
exit(1);

Y tambien me corrio muy bien, despues trate de correr el siguiente codigo igual que el anterior:
#!C:\perl\bin\perl.exe -w
##
## printenv -- demo CGI program which just prints its environment
##
print "Content-type: text/plain\n\n";
foreach $var (sort(keys(%ENV))) {
$val = $ENV{$var};
$val =~ s|\n|\\n|g;
$val =~ s|"|\\"|g;
print "${var}=\"${val}\"\n";
}

Y tambien me corrio bien, lo que note es que tengo que tener siempre al principio del script la siguiente linea:
#!C:\perl\bin\perl.exe -w
Y todo funciona bien

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Muchas gracias por tu ayuda monoswim, si tengo otro problema yo te contacto

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Gracias de nuevo

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Atte.
Chronoss.