¿Cómo te explico? no soy un experto pero vamos a ver...
Toda BD tiene su propia BD de administración donde van tablas, índices, nombres de BD, roles de usuarios, procedimientos almacenados, vistas, parámetros de inicialización de la BD, etc.
La de MySQL es su propia BD MySQL. Esa tabla es la que administra todo. En lugares gratuitos como miarroba te dan espacio gratuito para crear tu BD MySQL (solo una). Automáticamente la crean con el nombre de tu usuario donde sos el dueño y señor. No usan la BD de MySQL ya que es solo para administrar y controlar las BD existentes.
Ahora, si creas una BD, ahi podes llevar el control de tus usuarios ya que al realizar la conexión lo harías directamente en tu BD y no en la de Administración. Lo que trato de explicarte que una BD es completamente independiente de otra donde el dueño o creador de la misma puede especificar los usuarios, a que tablas va a tener acceso y qué es lo que pueden hacer en las mismas.
Lo más importante es que tengas claro o por lo menos conocimiento de roles de usuarios y conceptos sobre seguridad.
Fijate en estos sistemas de
INICTEL estan en español usando php. Son fáciles de seguir y te vas a dar cuenta que NO usan la BD MySQL para sus proyectos.