probaste poniendo la URL completa
http://myURL.com/mifile.js
del archivo .js
deberia funcionar bien, puesto que el frame del dominio solo hace un frame sencillo a veces de un pixel de tamaño para dejar tu dominio todo el tiempo alli... y mete el otro frameset(o pagina) abajo y no hay problemas...
si pudieras dar mas info o poner el codigo de los framesets...
salu2