El titulo de inicio me pareció interesante... PHP y JAVA...
Pero es JavaScript...
Por cierto así como lo tienes debe de funcionar, ya que la sentencia ALERT se ejecuta al aparecer (Mientras no esté dentro de una funcion), tal vez el problema sea que no le indicas el lenguaje, o que no lo rematas con punto y coma...
else echo "<script language=\"javascript\">alert ('El codigo introducido no existe');</scritp>";
Checalo a ver si así funciona.