si puedes hacer todo eso con php. en la base de datos almacena la ruta y el nombre del archivo al que te refieres en cada caso, con eso basta, luego con php busca en la base de datos por algun id el nombre del archivo y tratalo con las funciones de php para trabajar con archivos:
www.php.net/manual/es/ref.filesystem.php
en el foro de php pueden ayudarte mejor sobre el tema.