Y además Red Hat 9 es del año 2003 y Windows 98 es... del 98
Es decir, no puedes comparar. Es como decir que "mi Windows 3.11 es más rápido que mi Windows XP". A medida que pasan los años los sistemas se hacen más pesados, ya que aumentan las capacidades de los PC.
Además influyen otras cosas8 cantidad de RAM, aplicaciones ejecutándose en ese momento, etc.).