Es curioso!
Prueba a ponerlo así:
Código PHP:
<table valign="top" width="991">
<td class="menu" width="132">[<a href="#" onclick="nueva_ventana('alta.php');return false" title="Agregar Usuario" target="sobreventana">Agregar Usuario</a>]</td>
<td class="menu" width="133">[<a href="#" onclick="nueva_ventana('baja.php');return false" title="Eliminar Usuario" target="sobreventana">Eliminar Usuario</a>]</td>
<td class="menu" width="622">[<a href="#" onclick="nueva_ventana('modifica.php');return false" title="Modificar Datos" target="sobreventana">Modificar Datos</a>]</td>
<td class="menu" width="84">[<a href="Salir" onClick="window.close();">Salir</a>]</td>
</table>