Parece que deberías vincular las tablas A y AS también para la consulta principal, igual que haces en la subconsulta.
Otra sugerencia, puede que sea mejor hacer un inner join, que poner la condición en el WHERE, algo así:
SELECT A.Subcuenta, SUM(A.Debe) as Debe, SUM(A.Haber) as Haber
FROM A INNER JOIN As ON A.Asiento = As.Asiento AND A.Ejercicio = AS.Ejercicio
WHERE A.Subcuenta IN
(
SELECT DISTINCT A.Subcuenta
FROM A INNER JOIN As ON A.Asiento = As.Asiento AND A.Ejercicio = AS.Ejercicio
WHERE
(A.Subcuenta BETWEEN 10000000 AND 20000000)
AND (A.Fecha BETWEEN '01/06/2000' AND '31/12/2000')
)
AND (A.Ejercicio = 1)
AND (A.Fecha < '01/06/2000')
AND (A.Fecha BETWEEN '01/06/2000' AND '31/12/2000')
GROUP BY A.Subcuenta
Un saludo
