Hola cuaya2:
Un popup desde sí mismo se puede cerrar con window.close()
con un botón sería:
<button onclick="window.close()" >cerrarme</button>
Y si quieres cerrarlo desde la ventana que lo abrió, tienes que crear el popup desde una variable:
var popup = window.open(...)
y para cerrarlo:
popup.close();
Tienes que tener cuidado en poner la variable de forma "global" para que se vea desde cualquier parte del documento.
En el head:
<script>
var popup;
</script>
...
y en el body:
<button onclick="popup = window.open(...)" >abrirme</button>
<button onclick="popup.close()" >cerrarme</button>
Saludos
