el error aqui (Select Indice, Empresa, RubPrincipal from Totales GROUP BY RubPrincipal) es claro, tratas de agrupar por RubPrincipal pero indice y empresa no estan agrupados o contenidos en una funcion de agregado (sum, avg,count). Creo que deberias mostrar la estructura de la tabla y describir lo que quieres obtener (con ejemplos).
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