rafapaskual,
yo utilizaría una condición IF-ELSE con las querys necesarias, imagino que solo dos, pues ORACLE y SQLServer utilizan % y otras muchas.
Para la cadena de conexión, utiliza un DSN, que podrás cambiar externamente al programa.
Así no tendrías que recompilar.
De todas formas no es recomendable bajo mi punto de vista porque si cambias de BBDD a una más potente se puede optimizar el código de la aplicación.
Saludos
Pablo