Hola HiTek:
Sabiendo el tamaño de la ventana:
var ancho = 400; // es un ejemplo
var alto = 300; // con estas medidas se puede calcular la posición
var margenIzq = (screen.width + ancho) / 2;
var margenSup = (screen.height + alto) / 2;
var ops = "width=" + ancho + ",height=" + alto + ",top=" + margenSup + ",left=" + margenIzq;
// ahora abrimos la ventana con las opciones
window.open(laVentana, "", ops);
Saludos
