Pues he instalado la versión 6.0.2 del explorer con los últimos services packs y se sigue viendo distinto.
En el explorer la caja no 'crece' por abajo al poner un padding-top y en el firebird si.
Ademas he descubierto que si pongo varias cajas con posicionamientos relativos, englobadas dentro de otra mayor, las posiciones de las cajas interiores es distinta en ambos navegadores.
Supongo que la mejor solución es no utilizar la propiedad padding, aunque no he probado a usar padding-bottom o -left para ver que ocurre.
Gracias de todas formas.
