En este caso, lo siento pero no puedes incluir este contador en el flash, porque estas llamando a un javascript que te devuelve todo un conjunto de etiquetas html.
Lo que tienes que hacer es crear una página html e incluir el flash dentro de ella, que no se autoajuste el swf ni nada (como normalmente, con medidas fijas). Y debajo del flash, dentro de una tabla o como lo quieras hacer... escribir dicho script. De esta manera tendrás tu página hecha en flash y abajo el contador visible.
Yo personalmente haria una tabla con 2 filas, 1 celda por fila. En la fila de arriba, centrado el swf, y en la fila de abajo entre las etiquetas <td> y </td> metes el código <SCRIPT LANGUAGE="JavaScript" src="http://contadores.miarroba.com/ver.php?id=xxxxxxx"></SCRIPT>
Espero que te vaya bien, y ante cualquier duda ya sabes...!
Aiooooos