Mike1304,
Cita: que es realmente un namespaces
Cita: Un espacio de nombres es un esquema lógico de nombres para tipos en el que un nombre de tipo simple, como MiTipo, aparece precedido por un nombre jerárquico separado por puntos. [...]"
Así es como lo definen en el eBook de .NET Framework
Y en términos generales

te podría decir que un Namespace, es una forma de agrupar clases, funciones, tipos de datos, etc. que están relacionadas entre sí.
Y en el caso de donnetnuke tiene su propio namespace que hace referencia a todas las pages.. por eso cuando quieres cambiarle a una su namespace le estas quitando la rerencia. Y si quieres cambiarle el namespace que trae por dafault lo tendrás que hacer a mano page por page para que el ensamblado haga referencia a ese nuevo namespace.
Por ejemplo.
Namespace Algo
public class page1
...
private sub sample1()
..
..
end sub
...
..
end class
End NameSpace
Y si lo haces así en todas las web applications que tengas tendrás una forma de encapsulamiento de todas tus funciones y clases así como para tener una mejor lectura o órden en tu programación.
Saludos