umm asi si ver codigo esta dificill......
Aunque MAC tiene fama de Chafa(inservible)
Yo lo que hago es crear una funcion javascript que me habra un POPUP el cual contiene el formluario para subir el archivo despues "Trato" dicho archivo con PHP para acomodarlo en el server y al momento de que todo termina. en la pagina que copia el archivo tengo otra funcion Javascript que setea una variable en Flash, haciendole saber que ya termino....
Pero te repito pega tu codigo para ver como lo haces.. y ya veremos como arreglarlo
Saludos!!