No tengo ni idea de lo que te pasa, pero si quieres adentrarte en javascript y poder depurar lo que programas el mejor navegador que puedes encontrar el es FireFox. Descargatelo de
www.mozilla.org. No solo te funcionara javascript sino que en caso de que cometas algun error podras ver detalladamente lo que falla.
Por cierto, es gratuito, código libre y todas esas cosas.