No logró entender la relacion que le ves a los frames y a los includes, las dos son cosas muy diferentes. Pero referente a los Includes (SSI) te puedo decir que existen dos maneras de ser declarados:
Código:
<!--#include virtual="footer.html" -->
ó
<!--#include file="footer.html" -->
Trata esto a ver si te resuelve el problema.