Mira, encontré esto que talvés te pueda ayudar para conectarte a tu AS400 por ODBC.
Calling a program in AS400
Está en este sitio donde podes encontrar otros script, te quedo con el pendiente para cuando venga mi compañero al trabajo.
24x7 Script Archive
Edito este mensaje porque ya conversé con mi compañero y me explicó lo siguiente:
En el AS400 buscate todos los comandos CPY, ahí vas a encontrar uno que es para enviar archivos del AS400 a pc llamado CPYTOPCD. Cuando le das que te copie el archivo, te lo deja en una carpeta compartida en el AS400 llamada QDLS la cual se puede ver desde el PC siempre y cuando tengas derecho.
La otra opción es usando el Client Access. Ahi seleccionas Acciones (en la barra superior) luego Recibir archivos y pones los parámetros de la forma que creas conveniente.