Hola kahlito:
La verdad es que yo lo he hecho pocas veces, pero en los primeros casos que planteas se arregla poniendo type="text/css" o type="text/javascript" según sea... Las veces que yo he intentado validar alguna de mis páginas lo he hecho una a una (las que me señalaban), aunque he descubierto un sistema para validar cosas que no son permitidas y es generando el código con javascript, aunque no te lo voy a recomendar salvo en cosas que tienen difícil solución con el validador.
El único de los ejemplos que me parecen justificables es con la etiqueta embed, y si la pones con javascript "cuela".
Saludos
