Hola,
Si lo que quieres hacer es si puedes instalar en la partición C:, en la que tienes instalado Windows 98, Windows XP o 2000 Professional, si se puede. Pero no hace falta formatear ni nada por el estilo. Windows 2000 o XP Professional se pueden instalar sobre Windows 98 SE, sin perder archivos.
Si lo que quieres es instalar XP o 2000
y Windows 98, tienes que volver a particionar (en 3), si no quieres ocupar la partición que utilizan tus archivos.
Saludos