Javascript funciona principalmente (si no es que totalmente) bajo el principio de eventos, necesitas un evento automático para nombrar la ventana sin acción del usuario. Puedes hacer lo siguiente:
<html>
<head>
<title>Prueba</title>
<script language="JavaScript">
function nombrala()
{
window.name = "pinche ventana!"
alert("El nombre de la ventana es:"+window.name);
}
</script>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">
</head>
<body onLoad="nombrala();">
<a href="#" onClick="alert(window.name);">asjdnasdnsakjdnsakda nsk</a>
</body>
</html>
El link de hasta abajo es solo para que confirmes que el nombre es el que deseas. Saludos