Hola,
Primero, no se que tiene que ver la pregunta con dominios y hosting. A google lo solemos "tratar" en ebusiness.
Segundo, google identifica las paginas por su URL, y distintas URLs son para el distintas paginas. Y distintas paginas tienen distinto PR. Asi que dominio.com/index.html y dominio.com/index.php son 2 paginas distintas y la segunda no coge el PR de la primera. Es mas, empezaria de 0.
Pero como para google dominio.com es una URL, puede (no estoy seguro) que dominio.com mantenga el PR con el cambio, a pesar de que se carge index.php.
Por si las moscas, al quitar index.html haria que el servidor web en lugar de devolver un 404 cuando se le solicite esa pagina, pues que devuelva un 301 con la nueva direccion (index.php). Es como recomienda google hacer el "cambio" de paginas (
http://www.google.es/intl/es/webmasters/4.html#A3)
Saludos.