Hola
Con el TMPGEnc, ve a File -> MPEG Tools -> Demultiplex, carga el MPG que dices que es igual que VCD, y me copia los datos de video y audio que te salgan.
Me ha pasado recientemente algo parecido, hago un CVCD con el TMPGEnc y el archivo me sale del mismo tamaño que un VCD, pero sin embargo al grabarlo con Nero, éste me dice que el tamaño es mucho menor, y me lo graba