Hola emont:
Los sistemas de marcos y ventanas más o menos así:
Cuando abres una ventana, la referencias con el nombre que le has dado en un principio:
var miVentana = window.open(...
Y luego la referencias con miVentana.document
El popup referencia a la ventana abridora con opener.document
Luego el sistema de marcos hay que referenciar a los hermanos por medio del "parent" y el parent del parent hasta el "top" (si es un sistema complicado es mejor hacer un esquema)
Espero que te sirva.
Saludos
