hola lo que tienes que hacer una vez puesto lass capas que quieres ej:pones una y la rellenas de color rojo y otra en color azul para que veas como queda, luego eliges la capa que quieres dandole un numero indicativo en la opcion de la barra de propiedades (indice Z) y alli veras un numero que se va incrementando si vas colocando mas capas, simplemente coloca el numero mas alto en la capa quieres que se vea primero y el mas bajo en la que quieras al final...
saludos