Lo unico que he visto sospechoso es esto:
<script language="JavaScript" src="http://miarroba.com/contadores/ver.php?id=54473"></script></div>
Es el contador de miarroba y precisamente ese popup que me ha salido es el mismo que sale ahora en las paginas de miarroba, lo extraño es que ya no me ha vuelto a salir, creo que solo sale una vez
Un saludo