Bueno, un buen punto para comenzar a evaluar la seguridad del alojamiento es mirando el valor de las directivas open_basedir y safe_mode, que evitan que podamos acceder a ficheros que estan fuera de nuestro espacio web.
Si no tienes problemas con el ingles, en
http://www.owasp.org/index publicaron una guia con los errores de seguridad mas graves que se cometian al desarrollar sitios web.
Saludos.