Hola
Si lo que quieres es siempre sacar la misma subcadena (osea, es algo fijo) por qué no lo haces así?
str1="http://www.miweb.com/carpeta/doc.htm";
str2="http://www.miweb.com/carpeta/otracarpeta/miotrodoc.htm";
subCa = new RegExp("http://www.miweb.com/carpeta/")
str1= str1.replace(subCa,'')
str2 = str2.replace(subCa,'')
alert(str1)
alert(str2)
