Hola:
Lo que te quisieron dar a entender es que códifiques los archivos que quieres comparar, así recibirás una llave, si cualquiera de los dos tiene un caracter diferente entonces la llave de resultado será diferente. Esto también vale por la cantidad de espacios que haya en cada archivo.
Te recomiendo que entres a
http://search.cpan.org/ y busques el módulo MD5 para que te des una idea.
SALUDOS