ok.
Bueno ya fuiste a la opción:
Backup/Restore
Ya marcaste la opción "Site" y la opción "Download" y vas y precionas el botón "Download"
(No sin antes poner tu direccion de correo en el ultimo campo, ya que es ahi donde se te enviará un reporte de los detalles del backup.)
Y en efecto, se guarda un archivo, con el sitio, con todo y todo, mismo que puedes volver a subir con esa misma opción seleccionando ahora "restore"
Sin embargo, el manejo de esos archivos es delicado, yo te aconsejaria que respaldaras manualmete las bases de datos, por cualquier cosa.
Saludos