Ante todo hay que determinar si el giro de tu site requiere de estar indexado muy arriba y mucho o si tus visitas te llegarían por otros medios (como publicar la url en tarjetas de presentación o en la prensa) Eso es cosa de mkt. Porque muchas veces hay que sacrificar estética por indexación o viceversa.
Puedes usar los "anchor points" de flash y luego hacer links HTML abajito del swf para que cuando googlebot pase por ahí las encuentre y si un usuario las visita llegue directo a esa sección del swf.
Si le metes al php o algo así hasta puedes hacer que el title y los metas cambien según que link visitó el googlebot aumentando así los posibles criterios de búsqueda para ser encontrado.
Además, aunque las interfaces de espacios continuos están de moda y es de lo más atractivo que se puede hacer con Flash, si cuando apachurres un link en el swf en vez de hacer un loadMovie o brincar a un cuadro, mejor te vas a otra página con otro swf, otros titles, etc, aumentas tus posibilidades, pero sacrificas estética.
Siempre es buena idea tener una versión html del sitio, aunque sea una pioja de puro texto plano con los links y con etiquetas h1, h2, etc. y no olvides tus <a> dirigidos a la versión Flash.
Saludos!!!