Creo que instalando PHP en modo CGI .. en la configuración de Apache (httpd.conf) podrías definir servidores virtuales para esos usuarios y a cada uno que pueda usar PHP .. añadir las directivas de configuración de uso de PHP:
http://www.php.net/manual/es/install.commandline.php
(incluso hasta que php.ini usar con su própia configuración de PHP própia).
En modo "Módulo" PHP de Apache .. no sé si será posible ya que "en teoría" PHP es "levantado" como servicio en el momento que parte (inicia) Apache. Mientras que en modo CGI .. es llamado el interprete PHP por el script que lo necesite.
Un saludo,