¿Cada 3 filas un registro?
Yo te podría explicar como vincular o cargar toda la información a una tabla pero tendrías que decirme que vas a usar de BD. La mayoría de los motores de BD tienen la opción de importar datos de archivos planos delimitados.
Lo de que cada 3 filas es un registro, si tendrías que hacerlo programado luego de cargada tu información en una tabla. Pero si fuera mi caso, yo modificaría el programa que genera el archivo plano para que me deje esas 3 fila como una sola y no procesar más. En caso que ese archivo txt te lo estan enviando, yo les diría la forma en que lo necesito.
No se que manejas de programación ni tu nivel en BD. Pero con sentencias SQL puros no podrías, si la BD donde pensas exportarlo te permite crear cursores o procedimientos almacenados podrías hacerlo de igual forma PROGRAMANDO.