Hola de nuevo Jordi,
si dices que el sistema yá lo tienes pero sólo quieres ver de que también linken los flash me temo que no es posible.
No hay forma de que capa alguna quede por encima de un flash. Se haga como se haga el flash siempre estará encima.
El flash sí o sí debe llevar el link desde dentro del propio flash.