Hola:
Yo estoy trabajando con My-SQL y Java sobre Windows, para poder acceder a la BD desde Java, he instalado en el equipo un servidor MySQL (no es necesario si puedes conectarte a un servidor que lo tenga instalado), un controlador ODBC para MySQL (puedes descargarlo de
www.mysql.com) y dar de alta la BD en el ODBC.
Espero que te sirva de ayuda, si necesitas algo más avisa.
Saludos