En realidad, sí se borran correctamente.. el único problema aparece cuando se quiere borrar el último artículo...
Es que tu función de JavaScript que actualiza las cookies está restringida a no ingresar valores nulos... y cuando borras el último artículo, en realidad estás actualizando la cookie y cambias su valor por una cadena vacía... y está pasando un value="" por eso no entra a la función...
Eso es lo que tienes que arreglar..
saludos