Si me ha servido, y además he he hecho unos arreglillos a ver que te parece. La solución esta en definir una variable ventana en el script, es la madre de los huevos.
Te agradezco tu interes altuista. Por cierto miré tu web y cogi prestado algun script de imagenes.
Un saludo.
var ventana
function abre(cual){
if(ventana){ventana.close()}
ventana = window.open(cual,'ventana','width=200,height=200')
}
</script>
</head>
<body>
<a href='#' onclick="abre('pagina1.htm');return false;"> abrir popup1 </a>
<br />
<a href='#' onclick="abre('pagina2.htm');return false;"> abrir popup2 </a>