Hola Gabriela, lo que te ha pasado no ha sido por tener la base de datos replicada, la consulta, lo que hace, es mostrarte los datos de las tablas, por lo que si borras los datos que te muestra una consulta, en realidad estás borrando los datos de la tabla.
De todas formas si quieres eliminar la réplica y trabajar de otra forma, si tenéis un sitio común en la red para compartir ficheros, puedes grabar ahí la base de datos y abrirla directamente desde la red desde los dos ordenadores, así estaréis viendo la misma información.
Un saludo
